Annexe E — Paramètres YAML

Tous les rapports sont exécutés à partir d’un fichier Parent.qmd, qui a un en-tête YAML avec une section params.

E.1 Explication des paramètres YAML

Paramètre	Valeur par défaut	Description
adcode	false	Afficher ou non le code R
analyse_type	null	Type d’analyse spécifié (<QC,DA,DS>)
annotation_column	null	Colonne utilisée pour l’annotation
batch	null	Nom de la colonne de métadonnées du lot pour l’analyse
cluster_id	"cluster_id"	Identifiant par défaut des clusters
col_block	null	Paramètre diffcyt de block_id
cols_design_GLMM_random	null	Colonnes pour les effets aléatoires dans le GLMM
conditions	null	Colonne des métadonnées des conditions d’analyse
conditions_reference	null	Condition de référence pour comparaison
contrast	null	Conditions de contraste comparées à conditions_reference
fc	1	Seuil de changement de pli pour la signification
log_bar	false	Utiliser l’échelle logarithmique sur les diagrammes à barres
min_cells	1	Nombre minimum de cellules requis par échantillon
min_samples	null	Nombre minimum d’échantillons requis pour l’analyse
path	<file path>	Chemin d’accès au fichier de données
p_value	0.05	Seuil de la valeur P pour la signification statistique
plot_legends	null	Colonne de métadonnées à ajouter sur les graphiques
project	null	Description du projet
rds	<.rds>	Nom du fichier RDS
show_parameters	true	Afficher les paramètres dans les sorties
show_summary	true	Afficher les tableaux d’informations récapitulatives
show_heatmap_on_off	true	Afficher/masquer les cartes thermiques du nombre de cellules par FCS
sorted	false	Trier les données sur le graphique par conditions
transform	false	Transformer les données lors de l’analyse différentielle
subset_column	null	Colonne utilisée pour le sous-ensemble des données