14 DS - analyse de l’intensité des clusters - univar
L’analyse supervisée vise à identifier les différences entre les groupes expérimentaux. L’état différentiel (DS) identifie les combinaisons clusters-marqueurs où l’intensité des marqueurs change.
14.0.1 DS Tables Columns
| Colonne | Description |
|---|---|
cluster_id |
Identifiant pour le groupe de cellules analysé. Combiné à marker_id, il spécifie la population cellulaire unique et la paire de marqueurs pour laquelle l’IMF est comparée. |
marker_id |
Identifiant du marqueur spécifique au sein de le cluster. Chaque paire cluster_id et marker_id représente une ligne de données unique dans l’analyse, indiquant les différences d’IMF médian entre les groupes pour un marqueur spécifique dans un cluster donné. |
Référence |
Le groupe de référence ou la condition utilisée comme ligne de base pour la comparaison dans l’analyse différentielle. |
Contraste |
Le groupe ou la condition de contraste comparé à la référence pour vérifier les différences d’IMF. |
logFC |
Log2 fold change de l’IMF médiane du groupe de contraste par rapport au groupe de référence. Les valeurs positives indiquent un IMF médian plus élevé dans le groupe de contraste, tandis que les valeurs négatives suggèrent un IMF médian plus élevé dans le groupe de référence. |
Fold Change |
Le changement de pli explicite, montrant le changement réel de l’IMF médiane entre le groupe de contraste et le groupe de référence. Il peut être fourni directement ou calculé comme l’antilog de logFC. |
p_val |
La valeur P brute du test statistique, évaluant la signification de la différence de l’IMF médiane entre le groupe de contraste et le groupe de référence. Une valeur P plus faible indique une différence plus significative sur le plan statistique. |
p_adj |
La valeur P ajustée, qui tient compte des corrections des tests multiples, offrant une évaluation plus rigoureuse de la signification par rapport à la valeur P brute. |
FDR |
Le taux de fausse découverte (False Discovery Rate), une valeur P ajustée qui prend en compte les comparaisons multiples et représente la proportion attendue d’erreurs de type I (faux positifs) parmi les résultats significatifs. |
AveExpr |
Le niveau d’expression moyen du marqueur dans tous les échantillons, fournissant une base de référence pour l’IMF qui peut être utilisée pour la comparaison. |
t |
La statistique t de l’analyse différentielle, mesurant la taille de la différence dans l’IMF médiane par rapport à la variabilité entre les échantillons. Une valeur t absolue plus élevée indique une différence plus significative. |
B |
Le logarithme des chances que la différence d’IMF médiane pour le marqueur au sein de le cluster soit significative entre les groupes comparés. Une valeur B plus élevée suggère une preuve plus forte de l’IMF différentiel. |
La FDR est une correction complexe en théorie, mais elle est utilisée ici comme un outil de tri dans l’hypothèse de groupes d’étude de taille similaire.
14.0.2 Tracé interactif du volcan
Ce graphique interactif en forme de volcan est conçu pour visualiser les comparaisons d’états différentiels (DS) entre les groupes. Il représente le log2(Fold Change) sur l’axe des x par rapport au log10 négatif de la valeur p ajustée sur l’axe des y. La taille de chaque point sur le graphique représente le nombre de cellules associées à chaque marqueur de groupe.
Les différences significatives sont soulignées par des lignes pointillées rouges, et les seuils pour celles-ci sont déterminés par :
Un log2(Fold Change) absolu supérieur à un seuil spécifique (<cutoff FC>), Une valeur p ajustée inférieure à un certain seuil (<cutoff FDR>). Les utilisateurs peuvent interagir avec le graphique en passant la souris sur les points pour superposer des annotations supplémentaires.
14.0.3 Tracé du violon
Ce diagramme en forme de violon est conçu pour illustrer l’ICM à l’échelle du marker*cluster dans différents groupes expérimentaux, avec des options de personnalisation dynamiques qui s’adaptent aux conditions définies par l’utilisateur (<condition>) et aux paramètres du lot (<batch>). Le graphique est marqué par une ligne pointillée rouge distinctive à l’abscisse zéro.
La couleur de chaque violon correspond à une condition spécifique, ce qui facilite les comparaisons visuelles rapides entre les groupes. La forme des points de données à l’intérieur de chaque violon peut varier, reflétant les conditions de lot spécifiées, ce qui aide à évaluer l’impact du lot sur l’abondance des cellules.
Les annotations de signification sont intégrées directement dans le tracé, catégorisant la signification statistique des différences observées entre les groupes sur la base des valeurs p ajustées (FDR). Les niveaux de signification sont codés visuellement comme suit :
****: Hautement significatif (FDR ≤ 0.0001)***: Très significatif (0,0001 < FDR ≤ 0,001)**: Significatif (0.001 < FDR ≤ 0.01)*: Modérément significatif (0.01 < FDR ≤ 0.05).: Suggestif (0.05 < FDR ≤ 0.1)
14.0.4 Carte thermique du marqueur MFI
Les cartes thermiques qui montrent les marqueurs significatifs avec les valeurs FDR les plus basses