1  Caractéristiques principales

• Importation de données : analycyte prend en charge l’importation de données formatées sous forme de fichiers Excel, qui comprennent des features extraites avec des tableaux d’abondance et de MFI (par exemple, à partir de OMIQ), ou des fichiers .fcs concaténés comprenant des colonnes de regroupement (par exemple, à partir de FlowJo). Dans les deux cas, il est nécessaire de charger un tableau de métadonnées spécifiant des informations sur l’échantillon.

• Analyses exploratoires et supervisées : analycyte facilite les analyses exploratoires et supervisées des features, ce qui permet de mieux comprendre vos données cytométriques.

• Rapports standardisés et reproductibles : Générer rapidement des rapports standardisés et informatifs pour assurer la cohérence et la clarté de vos analyses.

  • Contrôle de qualité : Évaluez la qualité de vos données et identifiez les valeurs aberrantes ou les anomalies.
  • Groupes différentiellement abondants entre les groupes : Identifiez les clusters ou les groupes de features présentant une abondance différentielle entre les diverses conditions expérimentales ou les divers groupes.
  • Analyse de l’état différentiel : Analyser les changements d’état des features dans différentes conditions ou au fil du temps.

• Suivi des interactions avec l’utilisateur : Les paramètres sélectionnés pour la génération de rapports sont enregistrés dans des fichiers .yml dans chaque dossier haché.

• Les analyses sont exportées avec une feuille de calcul qui décrit les étapes suivies par chaque utilisateur.

• Accès aux documents modèles : Chaque dossier d’analyse extrait de l’application contient un dossier progs contenant les documents modèles .qmd utilisés pour la création des rapports.

• Accès à l’environnement d’analyse : Chaque dossier d’analyse extrait de l’application est accompagné d’un fichier .Rproj