Glossaire

Glossaire des termes

Termes

Terme Définition
Abondance La quantité ou la concentration d’un type de cellule ou d’un marqueur spécifique dans un échantillon, mesurée par fichier .fcs individuel. Souvent utilisé pour décrire la présence relative ou absolue de populations de cellules en cytométrie.
Cluster Groupes prédéfinis de cellules similaires basés sur des features ou des mesures spécifiques, utilisés pour analyser des sous-ensembles dans les données de cytométrie. Les groupes sont identifiés avant l’analyse dans l’application.
Abondance différentielle La comparaison des niveaux d’abondance entre différentes conditions ou groupes dans les données de cytométrie afin d’identifier les changements significatifs dans les populations de cellules.
État différentiel L’analyse des changements d’état ou de condition des populations de cellules dans différentes conditions expérimentales, en évaluant les variations au-delà de la simple abondance. Permet de calculer des tests de l’état différentiel des populations de cellules (c’est-à-dire l’expression différentielle des marqueurs de l’état des cellules au sein des groupes).
FCS Fichier de tri cellulaire activé par fluorescence, un format de données qui contient des informations sur chaque cellule individuelle mesurée.
Gating Méthode utilisée pour sélectionner les cellules en fonction de critères spécifiques, ce qui permet d’analyser des sous-populations de cellules. La sélection est effectuée avant l’analyse des données dans l’application.
Métadonnées Informations contextuelles décrivant les données de l’expérience.
MFI L’intensité moyenne de fluorescence est une mesure permettant de quantifier l’intensité moyenne de fluorescence des cellules au sein d’une population sélectionnée, ce qui indique les niveaux d’expression des protéines.
Marqueurs d’état Indicateurs utilisés en cytométrie pour identifier les features transitoires ou conditionnelles des cellules, telles que l’activation ou les réponses au stress, reflétant les états dynamiques des cellules.
Marqueurs de type Marqueurs spécifiques utilisés en cytométrie pour classer les cellules en types ou classes distincts sur la base de leurs propriétés inhérentes, telles que la lignée cellulaire ou les attributs fonctionnels.

Termes bioinformatiques

Terme Définition
count Nombre de cellules par .fcs dans chaque groupe.
perCellCounts Fréquences des cellules, exprimées en abondance par cellule individuelle, permettant la comparaison entre des échantillons dont le nombre total de cellules varie.
perCellCountsNorm Fréquences normalisées à l’aide de la transformation arcsinh (mise à l’échelle de 0,03), puis centrées sur la moyenne par cluster/gating. Cette méthode est couramment utilisée pour stabiliser la variance dans une plage de valeurs.
SummarizedExperiment Une classe R utilisée pour stocker des données expérimentales avec des annotations sur les expériences. Elle encapsule les données de manière à conserver la relation entre les données et les métadonnées, ce qui est utile pour les analyses complexes.
SingleCellExperiment Une version spécialisée de SummarizedExperiment conçue spécifiquement pour les données au niveau de la cellule unique. Elle facilite la gestion des métriques et des annotations spécifiques aux cellules.