6  Import Concatened .fcs

L’application supporte l’utilisation d’un seul fichier .fcs contenant toutes les cellules, ainsi que des colonnes supplémentaires pour l’ID .fcs initial, le clustering, et d’éventuelles informations sur la réduction des dimensions (par exemple, t-SNE, UMAP). Ce fichier sera lié à un fichier de métadonnées généré par l’utilisateur, qui contient des informations sur l’ID fcs pour identifier les différents ID d’échantillons initiaux et les groupes d’intérêt.

Pour charger et concaténer des données dans l’application, suivez les étapes suivantes :

  • Analyse en amont :
    • Préparez votre fichier .fcs : Assurez-vous que votre fichier .fcs contient toutes les cellules et les colonnes supplémentaires nécessaires pour l’ID fcs initial, le regroupement et les éventuelles informations sur la réduction des dimensions.
    • Créez un fichier de métadonnées : Générez un fichier de métadonnées contenant des informations sur l’ID .fcs afin d’identifier les différents ID d’échantillons initiaux et les groupes d’intérêt. Ce fichier doit être dans un format compatible, tel que CSV ou Excel.
  • Via l’application :

6.1 Sélection de regroupement

  • Via l’application :
    • Une fois les données chargées, utilisez la fonction de concaténation de l’application Extract Clustering Features pour combiner les données des différents échantillons et groupes. Cela créera un ensemble de données unique qui pourra être utilisé pour une analyse et une visualisation plus poussées